ป่าชายเลนในเขตพื้นที่อุทยานสิ่งแวดล้อมนานาชาติสิรินธร ตั้งอยู่บริเวณปากคลองบางตราน้อย และปากคลองบางตราใหญ่ เดิมบริเวณนี้มีสภาพป่าชายเลนที่อุดมสมบูรณ์ มีพันธุ์ไม้ชนิดต่างๆขึ้นอยู่อย่างหนาแน่น และเป็นแหล่งอาศัยของสัตว์นานาชนิด แต่ได้มีการบุกรุกทำลายจนป่ามีสภาพเสื่อมโทรมลงจนเกือบหมดสภาพป่าธรรมชาติ
สืบเนื่องจากวันที่ ๑๔ สิงหาคม ๒๕๓๗ สมเด็จพระกนิษฐาธิราช เจ้ากรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา เจ้าฟ้ามหาจักรีสิรินธร มหาวชิราลงกรณวรราชภักดี สิริกิจการิณีพีรยพัฒน รัฐสีมาคุณากรปิยชาติ สยามบรมราชกุมารี ได้พระราชทานพระราชดําริกับนายสุเมธ ตันติเวชกุล เลขาธิการ กปร. ในขณะนั้น ณ พระราช นิเวศน์มฤคทายวัน ให้จัดหาพื้นที่ที่เหมาะสมเพื่อทดลองปลูกและฟื้นฟูสภาพป่าชายเลน เพื่อให้ ระบบนิเวศป่าชายเลนกลับคืนสู่ธรรมชาติ ต่อมา เมื่อวันที่ ๑ สิงหาคม ๒๕๓๗ ได้เสด็จพระราชดําเนินทรงปลูกป่าชายเลนชนิดต่างๆ ที่คลองบางตราใหญ่ และคลองบางตราน้อย และได้พระราชทานพระราชดําริเพิ่มเติม กับผู้กํากับการ 6 กองบังคับการฝึกพิเศษในขณะนั้น ให้ดําเนินการหาวิธีที่จะดูแลรักษาให้ต้นไม้ชายเลนที่ปลูกไว้นี้อยู่รอดและ ให้ดําเนินการปลูกป่าชายเลนต่อ ไปในพื้นที่ที่เหลืออยู่ทั้งสองแห่งที่บริเวณคลองบางตราใหญ่และคลองบางตราน้อย
ปัจจุบันสภาพป่าชายเลนในเขตพื้นที่อุทยานสิ่งแวดล้อมนานาชาติสิรินธร มีความอุดมสมบูรณ์ของระบบนิเวศมากขึ้น ประกอบไปด้วยพันธุ์ไม้ป่าชายเลนหลากหลายชนิด ได้แก่ โกงกางใบเล็ก โกงกางใบใหญ่ ตะบูน ตะบัน ตาตุ่มทะเล โพทะเล จิกทะเล ปรงทะเล ขลู่ ฯลฯ เป็นแหล่งอนุบาลสัตว์น้ำวัยอ่อน และเป็นที่อยู่อาศัยของสัตว์ต่างๆ โดยเฉพาะนกนานาชนิด ทั้งนกประจำถิ่น และนกอพยพ กลายเป็นห้องเรียนธรรมชาติ สำหรับศึกษาระบบนิเวศและความหลากหลายทางชีวภาพของป่าชายเลนได้อีกแห่งหนึ่ง และช่วยปลุกจิตสำนึกให้ตระหนักถึงคุณประโยชน์อันมหาศาลของป่าชายเลน ซึ่งเป็นทรัพยากรธรรมชาติที่ควรค่าแก่การอนุรักษ์ไว้
